1988년부터 1994년까지의 기간은 동남교회가 동남리 674-3번지 교회당을 330평으로 증축완공하고 새로운 선교의 문을 열기 시작한 시기이다. 동남교회는 국내의 개척, 농어촌교회와 해외 선교사를 지원하는 등, 선교의 문을 열어가기 시작했다. 또한 정년 은퇴를 앞두고 있었던 윤재경 장로는 교회개척을 위해 자신이 소유하고 있던 쌍북리 223번지의 땅을 헌납하였고 동남교회는 김종철 목사를 개척목사로 청빙하여 헌납한 땅에 개척교회를 세우고 1992년 2월 22일 (가칭)동문교회 창립예배를 드렸다. 예루살렘교회가 성장하여 선교의 영역을 온 유다, 사마리아로 확장시켜 나갔듯이 동남교회는 교회성장의 열매를 선교에 쏟아 붓기 시작한 것이다. 윤재경 장로는 동문교회를 개척한 해였던 1992년 6월 15일 정년은퇴를 했다. 그리고 다음 해인 1993년 3월, 동남교회는 윤 장로가 1985년에 교회에 헌납했던 기도원을 매각한 후, 그 전 매각금액(3천만 원)으로 대전시 가수원동에 “늘 기쁨 교회(개척목사 신종우)”를 개척했다. 1993년 8월 24일의 일이다. 그동안 농촌지역인 부여의 읍(邑) 단위 소도시에서 크게 성장한 동남교회가 1988년부터 불과 5년여 만에 국내, 해외 선교와 대전노회 안에 두 개 의 교회를 개척하는 등, 괄목할 만한 선교의 열매를 이룬 것은 오직 하나님의 은혜와 성령의 강력한 역사하심이 있었기 때문이었다.

세계선교의 거점이 되었던 안디옥 교회처럼(1996년 ~2004년)

동남교회가 창립 20주년을 맞은 1996년은 동남교회의 역사의 큰 획을 그은 해이며 선교의 비전을 품고 새로운 기초를 놓은 기념비적인 해이다. 1996년 5월, 동남교회는 삼국시대로부터 부여읍성을 품고 있는 금성산 자락인, 부여읍 쌍북리 583-2,3,5,7 번지의 자연녹지 1,580평을 교회신축 부지로 매입했다. 부여의 지역 선교뿐 아니라, 대전노회의 100여 교회를 섬기는 노회의 센터로, 그리고 다음세대의 신앙교육과, 온 세계를 선교하는 큰 비전을 실현하기 위해 그에 걸 맞는 새로운 터전으로 자리를 잡은 것이다.

쌍북리 부지를 동남교회가 매입하는 과정에는 하나님의 깊은 은총의 섭리가 있었다. 그 땅은 부여 도심권에서 벗어난 금성산 자락의 보릿고개라 불리는 곳으로 몇몇 소규모 공장이 자리 잡고 있는 폐허 분위기의 우범지역이었다고 한다. 더구나 토지매매가도 6억을 상회하고 있어서 여러 교회들이 매입시도를 하다 중단한 곳이었다. 그러나 부여도심권에 바로 인접해 있고, 숲이 우거진 산자락에 자리 잡고 있어서 교회부지로는 매우 이상적인 곳이기도 했다. 그런데 놀라운 일이 일어났다. 김영삼 정부가 강력하게 밀어붙인 “금융실명제” 실행이 막 시작되면서 쌍북리 부지를 소유한 3명의 지주들은 그 땅을 급매수할 사람을 찾았고, 여의치 않자 시세의 절반가격으로 내놓았기 때문이다. 동남교회는 기도하며 숙고한 후에 그 땅을 매입하기로 했다. 그리고 여러 가지 제약이 많은 땅이었음에도 군은 교회건축을 허가해 주었다. 그동안 동남교회가 지역을 선교하고 교회의 부흥의 열매를 지역사회를 돕는 일에 앞장서고 여러 교회들을 개척하며 세워온 일에 대한 하나님의 은총의 응답이었다. 그 해 가을, 1996년 11월 28일 동남교회는 이헌직 장로의 은퇴와 제 5대 김중진 장로의 임직식, 그리고 이영철 외 14인의 권사를 임직했다.

새 천년을 앞둔 1999년 7월, 동남교회는 건축위원회를 발족했고, 2000년 4월 23일, 부활절, 1520평 대지위에 지하 315평, 1층 200평, 연 515평의 새 예배당 건축의 첫 삽을 뜨기 시작했다. 산자락을 들어내는 거대한 토목공사와 함께 공사는 1년여 동안 계속되었고 2001년 4월 15일 부활절에 감격적인 입당예배를 드렸다. 그리고 2004년 3월 예배당 뒤편에 남아있던 부여읍 쌍북리 583-6번지 402평을 매입하여 주차장을 확장했고 그해 4월 15일 교회는 예배당 헌당예배를 드렸다. 이날, 교회창립 28년 만에 부여읍을 가슴에 품을 만큼 장성한 교회, 다음세대와 세계선교의 웅지를 품은 교회로 세워진 것이다.

농촌지역의 소도시에서 일으킨 교회부흥의 물결(2004년 ~ 2013년)

2001년, 새 예배당입당예배를 드린 후부터 2013년 정하천 목사가 은퇴하기까지의 12년 동안, 동남교회는 비약적인 교회성장을 계속했고 성장에 발맞추어 새로운 청지기들을 세웠다. 2004년 4월 15일, 헌당예배와 함께 김영란, 이성근, 김용환, 갈종진, 김용남 등 5명을 제 6대 시무장로로 임직했고 아울러 정의준 등, 31명을 권사로 임직했고, 2007년 4월 28일 함석호, 윤병선, 윤봉점, 김영현, 이삼훈 등 5명을 제 7대 장로 임직과 임병순 권사 등 6명의 명예권사 추대, 강연식 등 37명을 권사로 임직했다. 그리고 2011년 11월 27일 교회설립 35주년을 맞아 송성헌 장로를 원로장로로 추대하고, 송재중 등 17명은 안수집사로 임직했고, 홍순광 집사는 안수집사로 취임했다. 2004년부터 2011년 까지 동남교회는 무려 10명의 장로와 68명의 권사, 18명의 안수집사 등, 100여명의 청지기를 임직했다. 이미 한국교회의 성장이 멈추고 차츰 마이너스 성장시대에 접어들었던 시기에, 인구가 급격히 줄어들고 있었던 지방의 읍 단위 지역에서 노회를 넘어 교단적으로, 또한 부여읍 내에서는 초교파적으로 매우 괄목할 만한 성장을 이룬 것이다. 선교의 영역도 점차 확장되어갔다. 40여개 미 자립교회와 50여명의 선교사를 지원했고, 가난하고 소외된 이들을 돕는 선교까지 100여 곳 이상을 선교대상으로 삼았다. 누구도 주목하지 않았던 저 갈릴리처럼, 한적한 부여의 농촌지역의 한 교회를 통해 다만 성령께서 행하시는 놀라운 교회성장의 역사가 조용히 이루어지고 있었다.

2012년 8월 12일, 동남교회는 창립 36주년을 맞아 하나님의 크신 은혜를 감사하면서 행정수도로 개발 중에 있는 세종시에 개척교회를 설립하는 계획을 세웠다. 대한민국의 균형발전을 위해 행정수도이전과 함께 수많은 공무원들과 그 가족들, 국가의 행정부처의 이전과 함께 따라 관련기관들과 업체의 직원들이 대거 세종시로 몰려들었기 때문이다. 교회는 온 힘을 다해 세종시에 7억이 넘는 재정을 드려 교회를 건축했고 2013년 2월 24일 유방기 목사를 개척목사로 청빙하여 (가칭)세종장로교회 입당, 창립예배를 드렸다. 그리고 2013년 6월 30일, 동남교회가 크게 성장하고 하나님 나라를 위해 선교적 사명까지 잘 감당할 무렵, 정하천 목사는 정년을 앞두고 교회의 새로운 미래를 위해 새로운 후임자를 청빙하도록 자원하여 교회를 사임했다.