‘하나님의 선교(Missio Dei)’를 지향해온 이야기(1995년 ~ 2011년)
예배당을 건축한 후 교회는 꾸준한 성장을 이루었다. 그리고 잠시 미루어왔던 세상과 이웃을 향한 선교적 사명에 다시 힘을 기울이기 시작했다. 그동안 교회는 선교를 복음을 전파하여 영혼을 구원하는 선교, 세상 사람들을 교회로 이끌어 오는 교회 중심의 선교를 실천해 왔다. 그러나 참 선교는 오히려 교회가 세상속에 들어가 이웃을 섬기기 위해 존재하는 “하나님의 선교(Missio Dei)”를 지향해야 한다. 이 시기에 고백교회는 일반적으로 교회 부흥이나, 교회 확장을 위한 도구로써의 선교의 차원을 넘어서 “하나님이 세상을 이처럼 사랑하사 독생자를 주신” 그 사랑을 실천하는 “하나님의 선교”를 지향한 것으로 보인다.
- 노숙자들을 위한 무료 급식 사역
고백교회가 설립되고 시작한 첫 선교는 지역사회를 섬기는 “야학”이었고, 갈마동에 교회를 건축한 후 새롭게 시작한 선교의 출발은 “노숙자들을 위한 무료 급식 사역”이었다.
1994년부터 시작된 노숙자 무료 급식 사역은 비가 오나 눈이 오나 20년 넘게 매주 목요일에 문을 열었다. 고백교회를 알리기 위해서가 아니라 예수 그리스도의 사랑을 실천하기 위해, 고백교회가 있는 지역과는 상관없는 저 멀리에 있는 ‘대전역 동(東)광장’으로 나가 무료 급식 천막을 치기 시작했다. 밥과 라면을 대접했고, SK 복지 센터의 지원을 받아 생필품과 의류를 지급했다. 무료 급식 천막을 치면 120-150명씩 몰려오는 노숙자들에게 매주 한 끼의 따뜻한 음식을 제공하는 일은 교인들의 지속적인 수고와, 섬김이 필요했다. 고맙게도 무료 급식을 나누는 자리에 자원해서 함께 협력해 주는 고마운 손길들이 많았다. 우송대학교의 한 외국인 교수는 시간이 날 때마다 광장에 나와 함께 땀 흘리며 봉사의 손길이 되어 주었고 유성 연구단지 연구소 팀들도 자주 이 일에 함께 동참하여 섬겨주었다.

- 농어촌교회 리모델링 사역
1995년부터는 “노후화된 농어촌교회 리모델링 사역”을 시작했다. 이 사역은 어려운 농어촌교회에 선교비만 보내는 것이 아니라, 교회는 재정으로 돕고, 건축, 리모델링 사업을 하는 교인들은 기술로, 온 교인들은 리모델링 현장교회에 함께 찾아가 노력 봉사로 협력하는 등, 온 교회가 참여하는 “전 교회적, 모든 분야를 망라한 토탈(total) 선교사역”이었다. 노후화된 교회의 창호, 지붕, 전기, 바닥공사를 비롯해 외부 및 실내 목수 작업, 페인트 공사, 십자가 탑 공사까지 전국에 걸쳐 초교파적으로 10여 개가 넘는 교회 리모델링 공사를 20년간 진행해 왔다. 한 교회는 손댈 곳이 많아져서 골조만 남기고 교회 건물 전체 리모델링 공사를 하기도 했다. 주로 여름 방학 기간을 이용해서 공사를 진행했는데 사전에 리모델링이 필요한 교회를 찾아 시공할 부분을 조사하고, 미리 시공할 전문인 교인들을 투입해 예비 작업을 시행한 후, 1박 2일 일정으로 전 교인이 수련회를 가서 마지막 공사를 함께 완공하는 방식으로 온 교회가 함께 동참했다. 그리고 재정적으로 어려운 교회들은 선교비까지 지속적으로 지원하여 오랫동안 사랑과 섬김의 관계를 이어왔다.

- 다음 세대를 키우는 장학사역
고백교회의 장학 사역은 그 규모는 작지만 24년째 꾸준히 지속되고 있는 사역이다. 1997년, 4월 교회를 성실하게 섬겼던 성도가 뇌출혈로 쓰러지자, 자녀들이 어머니를 모시면서, 어머니가 사시던 아파트를 처분하여, 그 일부인 530만 원을 어머니의 이름으로 교회에 헌금했고, 교회는 이를 보다 뜻있는 곳에 사용하기로 하고 “장학사업”의 종자 씨로 삼았다. 이에 온 교인들은 이 “종자 씨 장학금”에 매월 장학 헌금을 드려 동참하기 시작했고, 티끌 모아 태산이 되듯 대학생 1인당 매년 200만 원씩 지급하는 장학사업으로 발전했다. 지난 24년 동안 지속된 이 이 장학 사역은 1억이 넘는 장학금을 지급했다.
- 가난한 이들을 위한 긍휼사역과 해외선교
고백교회의 이웃을 향한 선교사역은 계속되었다. 겨울에는 교회 주변의 가난한 이웃들에게 연탄을 구매해 직접 날라드리는 일을 시작했고, 돈이 없어 백내장 수술을 못하고 있는 이들을 찾아 수술비 지원 사역을 했다. 지역의 탈북자들을 돕기 위해 담임목사가 대전시 서구 탈북민 지도위원이 되어 지속적으로 탈북민 정착을 돕기도 했다. 교인들이 자비를 털어 나선 일도 있다. “베스트셀러 책 보내기 사업”이다. 수시로 사회적인 이슈가 되는 베스트 셀러를 선정해서 재정 형편이 어려운 목회자들에게 보냈다. 교회가 통상적으로 하고있는 선교의 범주를 벗어나 전문 엔지오(NGO)처럼 소외된 이웃에게 사랑을 실천하는 일과 해외선교까지 그 영역을 넓혀갔다.
고백교회의 시련 이야기(2006년)
고백교회는 그동안 예배당을 건축하는 과정에서 일어날 수 있는 재정적 위기나, 교인 간의 갈등 없이 비교적 순탄한 길을 걸어왔다. 가난한 이웃과 어려운 교회들에게 예수의 사랑을 전하는 ‘하나님의 선교’ 사역을 계속하는 동안 영적 부흥과 양적 성장을 계속했고 교회는 2006년 5월 7일, 정연홍, 조무제, 이석태, 지순길 씨를 장로로 임직했다.
그러나 고백교회가 가장 아름답게 성장하고 있었던 그때, 교회의 큰 시련과 위기가 찾아왔다. 몇몇 당회원과 그와 뜻을 함께하는 일부 제직들이 담임목사의 교회 운영 방식에 이의를 제기했기 때문이었다. 교회는 온 교인과 함께 기도하며 대화를 통한 사태 해결의 접점을 찾으려 했으나, 시간이 갈수록 오해와 불신은 더 커져만 갔다. 당회는 교회의 평화를 위해 공동의회를 통해 전 교인에게 담임목사의 신임을 물어 그 결과에 따라 담임목사와 이의를 제기한 교인들의 거취를 결정하기로 했다. 2006년 12월 17일 열린 공동의회에서 고백교회는 대다수의 교인이 담임목사의 신임을 찬성하면서 그동안의 대립과 불화에 종지부를 찍고 새출발을 시작하기로 했다.